Kristningen av Yaquis var det som gjorde det mulig for de religiøse å spre seg i 1609, og trengte inn i Sonora-området.
Under kolonien tilsvarte Sonora bare bakkene til Sierra Madre Occidental inkludert i grensene for denne enheten. Regionen som løp nordover fra Yaqui-elven, inkludert Real de la Cieneguilla, ble kalt Pimería Baja, og den nordligste regionen fra Real til Colorado River - allerede i den nåværende nordamerikanske delstaten Arizona - ble kalt Pimería Alta.
Det nåværende Sonoran-territoriet inkluderer også en liten region sørvest for det som da ble kjent som Pimería, som ligger i delstaten Chihuahua og Ostimuri, et sted som ligger ved kysten av Gulf of California, mellom Mayo og Yaqui-elvene.
I 1614 kristna misjonærene Pérez de Rivas og Pedro Méndez mayaene i Ostimuri-området, og delte oppdraget i tre distrikter: Santa Cruz (ved utløpet av Mayo), Navojoa og Tesia.
Tepahues ble innlemmet sammen med Cornicaris i 1620. Fader Miguel Godínez grunnla oppdragene til San Andrés de Cornicari og Asunción de Tepahui. . Samme år ble rektoratet San Ignacio grunnlagt, som i tillegg til de fem tidligere nevnte oppdragene inkluderte de fra Bacúm, Torín og Rahún, som ligger ved munningen av Yaqui.
I 1617 ble Yaquis konvertert av foreldrene Pérez de Rivas og Tomás Basilio. Til tross for lidende opprør, opptøyer, plager og drap, var omvendelsen av Sonora raskere og sikrere. På 1600-tallet utvidet jesuittene og grunnla oppdraget til Maycoba og Yecora i den sørvestlige delen av det de kjente som Chínipas.
Oppdragene fra Yaqui-elven i nord ble delt inn i fire rektorer: San Borja grupperte oppdragene til: Cucumaripa og Tecoripa , grunnlagt i 1619; Movas og Onovas, i 1622; Sahuaripa i 1627; Matape i 1629; Onapa i 1677 og Arivechi , i 1727. Rektoratet for de tre hellige martyrene i Japan som inkluderte Batuco grunnlagt i 1627, Oposura i 1640 og Bacadeguachi , Guazavas , Santa María Baceraca og San Miguel Bavispe , grunnlagt i 1645. Og rektoratet San Javier som integrerte misjonene til Ures i 1636; Aconchi, Opodepe og Banámichi i 1639; Cucurpe og Arizpe i 1648, og Cuaquiárachi i 1655.
I 1687 gikk misjonæren Eusebio Francisco Kino inn i Pimería Alta og begynte oppdragene til rektoratet i Nuestra Señora de los Dolores, grunnlagt: Caborca, som Francisco Javier Saeta ble tildelt som opprettholder korrespondanse med sin åndelige støtte, faren Kino; Atil, Tubutama, Our Lady of Sorrows de Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera og Imuris.
Etter utvisningen av jesuittene var oppdragene ansvarlige for fransiskanerne, som ikke bygde noe mer og bare begrenset seg til å prøve å bevare de eksisterende. Når jesuittene allerede hadde etablert bosetninger i Sinaloa og Sonora, vendte de blikket mot det kaliforniske territoriet.
