Født i Ozumba, delstaten Mexico, i 1737, omfavnet han en religiøs karriere og ble ordinert til prest i en alder av tjue år.
Til tross for sin filosofiske opplæring er han helt fra begynnelsen av opptatt av kunnskap og anvendelse av naturvitenskap, fysikk, matematikk og astronomi. Han publiserer verdifulle verk om vitenskapelige emner i avisene og tidsskriftene. Han skaffer seg internasjonal anerkjennelse og er utpekt som tilsvarende partner for Paris Academy of Sciences. Han bruker mye av tiden på å gjennomføre vitenskapelige eksperimenter og monterer et stort bibliotek. Han er en samler av arkeologiske stykker og sjeldne eksemplarer av planter og dyr. Utforsk Xochicalco. I 1884 ble Antonio Alzate Scientific Society grunnlagt, som i 1935 ble National Academy of Sciences. Hans mest kjente redaksjonelle arbeid er notatene til den antikke historien til Mexico av jesuiten Francisco Javier Clavijero. Det sies at han er en fjern slektning til Sor Juana Inés de la Cruz. Han døde i Mexico by i 1799.
