Hidalgo dro til Aguascalientes og satte kursen mot Zacatecas. Fra Zacatecas gikk Hidalgo gjennom Salinas, Venado, Charcas, Matehuala og Saltillo.
Her ble det bestemt at hovedlederne, med de beste troppene og pengene, dro til USA. Allerede på vei ble de tatt til fange av royalistene 21. mars i Norias del Baján eller Acatita del Baján. Hidalgo ble kjørt til Monclova, derfra dro han 26. mars gjennom Alamo og Mapimí, og 23. gikk han inn i Chihuahua. Da ble prosessen dannet, og 7. mai ble den første uttalelsen tatt. Den kirkelige naturen til Hidalgo førte til at rettssaken hans ble forsinket mer enn hans følgesvenner. Nedrykkelsesstraffen ble uttalt 27. juli, og 29. juli ble han henrettet på Royal Hospital hvor Hidalgo ble fengslet. Krigsrådet fordømte fangen til å bli våpen, ikke på et offentlig sted som hans ledsagere, og skyte ham til brystet og ikke til ryggen, og dermed bevare hodet. Hidalgo hørte dommen rolig og forberedte seg på å dø.
Hans siste dag er beskrevet som følger: «Tilbake i fengselet fikk han servert en sjokoladefrokost, og etter å ha tatt den ba han at han i stedet for vann fikk servert et glass melk, som han avsluttet med en ekstraordinær visning av appetitt og glede. Et øyeblikk senere fikk han beskjed om at tiden var inne for å gå til torturen; Han hørte det uten forandring, reiste seg og erklærte at han var klar til å dra. I virkeligheten kom han ut av den avskyelige kuben han var i, og etter å ha kommet frem femten eller tjue skritt fra den, stoppet han et øyeblikk, fordi vakthavende offiser hadde spurt ham om noe ble tilbudt ham om å disponere det siste; På dette svarte han ja, at han ønsket at de skulle gi ham søtsaker som han hadde igjen på putene sine. De hadde de virkelig med seg, og etter å ha fordelt dem blant de samme soldatene som skulle fyre på ham og marsjerte bak ham, oppmuntret han og trøstet dem med sin tilgivelse og hans søteste ord for å gjøre jobben sin; Og da han visste godt at han hadde fått ordre om ikke å skyte på hodet, og han fryktet at han ville lide mye, fordi det fremdeles var skumring og gjenstandene ikke så tydelig, avsluttet han med å si: ”Den høyre hånden som jeg vil legge på brystet mitt vil være , mine barn, det trygge målet du må gå til ”.
”Benken til torturen hadde blitt plassert der i en innvendig korral på den refererte skolen, i motsetning til hva som ble gjort med de andre heltene, som ble henrettet på det lille torget bak bygningen, og hvor monumentet er i dag. som minner oss om ham, og det nye kjøpesenteret som bar navnet hans; og da Hidalgo visste om stedet han var henvendt til, marsjerte han med et fast og rolig skritt, og uten å la øynene bli bind for øynene, ba han med en sterk og inderlig stemme salmen Miserere me; Han kom til stillaset, kysset ham med avskjed og respekt, og til tross for noen krangel som ikke fikk ham til å sitte med ryggen vendt, tok han setet vendt foran, han la hånden på hjertet, han minnet soldatene om at dette var punkt der de skulle skyte ham, og et øyeblikk senere eksploderte utløpet av fem rifler, hvorav den ene effektivt gjennomboret høyre hånd uten å skade hjertet. Helten, nesten impassiv, anstrengte bønnen, og stemmen deres ble tauset da ytterligere fem riflekurver ble detonert igjen, hvis kuler som passerte kroppen brøt båndene som bundet ham til benken, og mannen falt i en blodsjø, han hadde ennå ikke dødd; tre skudd til var nødvendig for å konkludere med den dyrebare tilværelsen, som hadde respektert døden i mer enn 50 år. "
Solen hadde knapt blitt født da den allerede hadde satt seg til offentlighet, på en stol og i betydelig høyde, og nettopp på utsiden av dens. Hodet hans, sammen med Allende, Aldama og Jiménez, ble plassert i jernbur i hjørnene av Alhóndiga de Granaditas i Guanajuato. Liket ble begravet i tredje orden av San Francisco de Chihuahua, og i 1824 ble kofferten og hodet brakt til Mexico for å bli begravet med stor høytidelighet.
