Calleja var arrangør og sjef for den sentrale hæren (1810-12) under uavhengighetskrigen og den sekstende underkonge i Ny Spania, regjerende fra 1813 til 1816, og var en av de store skurkerne i historien til Mexico.
Han ble født i Medina del Campo, Valladolid, og døde i Valencia. Han gjorde sin første kampanje som andre løytnant i den ulykkelige Alger-ekspedisjonen, ledet av grev O'Reilly under Charles III. Han var lærer og kaptein for et selskap på 100 kadetter, blant dem var Joaquín Blacke, regent etter Spania, og Francisco Javier de Elío, fremtidig visekonge i Buenos Aires, ved Militærskolen i Puerto de Santa María.
Han ankom Ny-Spania med den andre greven av Revillagigedo (1789), som kaptein knyttet til det faste infanteriregimentet i Puebla, og utførte med suksess flere kommisjoner til han ble utnevnt til sjef for San Luis Potosí-brigaden. Han hadde der under sin kommando kantonene av tropper beordret til å samles av visekonge Marquina, som kaptein Ignacio Allende fulgte med sitt selskap. Der giftet han seg også med Doña Francisca de la Gándara, datter av det kongelige fenriket i byen, som var eieren av den store Hacienda de Bledos; og han fikk stor innflytelse på folket i landet, som kjente ham som "mesteren Don Felix.
Da opprøret til Hidalgo skjedde, uten å vente på ordre fra visekongen, satte han troppene til brigaden sin til våpen, økte dem med nye og organiserte og disiplinerte dem, han dannet den lille (4000 mann) men mektige hæren i sentrum, som klarte å beseire Hidalgo og møt den formidable offensiven startet av Morelos.
Calleja trakk seg tilbake til Mexico etter beleiringen av Cuautla (mai 1812), han hadde i sin bolig (Casa de Moncada, senere kalt Palacio Iturbide) sin lille domstol der misnøyen med regjeringen i Venegas, som de beskyldte for manglende penger og maktesløs å inneholde og avslutte revolusjonen. Omtrent 4 år senere styrte han landet som visekonge. Han fullførte hæren ved å få den til å nå 40 000 mann med linjetropper og provinsmilitser, og så mange av royalister organiserte seg i alle byene og eiendommene, begge forlot for det meste provinsene som var i revolusjon; han omorganiserte statskassen, hvis produkter økte med nye avgifter; den gjenopprettet merkantiltrafikken med de hyppige konvoiene som sirkulerte igjen fra den ene enden av riket til den andre og den vanlige posttjenesten; og vokste prestasjons- og tollproduktene.
Dette antar de kontinuerlige og intense kampanjene han promoterte mot opprørerne, der Morelos bukket under. En resolutt og skruppelløs mann, han stoppet seg ikke i media og lukket øynene for overgrepene som sjefene hans begikk, hvis de tjente den virkelige saken med iver. Han gjorde seg dermed hatsk mot sine samtidige.
Tilbake til Spania mottok han tittelen Grev av Calderón (1818) og de store korsene Isabel la Católica og San Hermenegildo. Etter å ha vært generalkaptein i Andalusia og guvernør i Cádiz, hadde han kommando over ekspedisjonstroppene i Sør-Amerika, som reiste seg før de dro og reduserte ham til fengsel (1820). Utgitt, nektet han regjeringen i Valencia og ble igjen fengslet på Mallorca til 1823. "Renset" i 1825, ble han i brakka i Valencia til han døde.
