Koloniseringen av disse fjerne landene ble oppnådd takket være den urokkelige viljen og det utrettelige arbeidet til en gruppe jesuitiske misjonærer som, vel vitende om at erobrerne ikke hadde vært i stand til å underkaste innfødte, bestemte seg for å bringe evangeliet til dem og dermed oppnå med ordet hva som ikke hadde blitt oppnådd ved hjelp av våpen.
Dermed, på slutten av det syttende århundre, under entusiastisk initiativ fra jesuiten Eusebio Kino, som fikk tillatelse fra de spanske myndighetene til å legge ut på ekspedisjonen til admiral Isidro Atondo y Antillón, ankom misjonærene det som antas å være en øy, for å evangelisere sine utemmede innbyggere. For å gi tillatelse hadde kronen gjort det til en betingelse at erobringen ble utført i kongen av Spania og at misjonærene selv skaffet seg ressursene til å gjennomføre forpliktelsen.
Den første misjonen, Santa María de Loreto, ble grunnlagt i 1697 av far José María Salvatierra, som hadde vært i Tarahumara, og som far Kino foreslo å utføre det store arbeidet. Santa María de Loreto var i mer enn hundre år den politiske, økonomiske og religiøse hovedstaden i Californias.
I løpet av de neste tre fjerdedeler av århundret grunnla misjonærene en kjede av atten supre festninger, koblet sammen av den såkalte "kongelige veien" som de selv bygde, og forbinder Los Cabos-regionen, sør på halvøya, til den nåværende grensen med vår nabo mot nord; Dette var mulig fordi det blant misjonærene var kapellaner med kunnskap om konstruksjon og hydraulikkingeniør.
Av disse formidable konstruksjonene overlever noen i perfekt stand, som San Ignacio, en av de vakreste og best bevarte, bygget av fader Juan Bautista Luyando i 1728; San Francisco Javier, grunnlagt i 1699, som besto av et ydmykt adobelskapell og et prestehus bygget av Fray Francisco María Piccolo; Den nåværende bygningen ble bygget i 1774 av fader Miguel Barco, og på grunn av den vakre arkitekturen har den blitt ansett som "juvelen til oppdragene til Baja California Sur"; Santa Rosalía de Mulegé, etablert i 1705 av fader Juan María Basaldúa, 117 kilometer nord for Loreto, var en av de best beliggende, siden den ble bygget i en oase ved sjøen.
Oppdragene kombinerte skjønnheten i arkitekturen og dekorasjonens rikdom med et praktisk miljø, som gjorde det mulig å etablere permanente bosetninger rundt dem. Misjonærene evangeliserte ikke bare innfødte, men lærte dem å gjøre ørkenen fruktbar med daddelpalmer; de introduserte husdyr og dyrking av mais, hvete og sukkerrør; De klarte å få landet til å produsere frukttrær som avokado og fiken, og for å overholde de religiøse ritualene som krevde vin og olje, fikk de tillatelse til å dyrke vintreet og oliventreet, noe som var forbudt i resten av Spania, og takket være dette i dag produseres gode viner og olivenolje i regionen. Og hvis ikke alt dette var nok, introduserte de også de første rosebuskene som blomstret i disse landene, og som i dag pryder parkene og hagene på hele halvøya.
