Da de ikke visste hvor langt nord i landet strakte seg, ankom jesuittene Chihuahua. I det syttende århundre ble den nåværende staten konstituert i sin sørvestlige del av det som ble kjent som Chínipas-regionen, mens resten av territoriet var delt mellom øvre og nedre Tarahumara.
De første forsøkene på å evangelisere Chihuahua kom fra turene som ble gjort av jesuittene, som tidligere ble bosatt i staten Sinaloa. Den første som ble bygget i regionen var den som ble reist av fader Juan Castini i 1621 og kjent som Chínipas-oppdraget.
Jesuittene jobbet i fjellene blant Tepehuanes-, Guazaparas- og Tarahumara-indianerne, mens franciskanerne arbeidet i daler og sletter. Den første stabile misjonæren i Chínipas-regionen var jesuittfaren Julio Pascual, martyrdøtt i 1632 sammen med fader Manuel Martínez. I 1680 ga Fray Juan María Salvatierra en kraftig impuls til oppdraget som ble konsolidert i årene 1690 og 1730. I midten av det syttende århundre ble jesuittoppdragene i Chínipas-regionen en av de best organiserte og avanserte.
I sør lå Nabogame hvor du fremdeles kan se kirken, kuratoren og misjonshuset bygget av far Miguel Wiytz i 1744. Baborigame Satevo ligger i samme område, som fikk ny styrke med administrasjonen til fader Luis Martín. og Tubares, grunnlagt i 1699 av fader Manuel Ordaz og gjenopplivet av administrasjonen til historikeren Félix Sebastián. Sistnevnte ble ansett som en av de mest velstående i kirke, hus, storfe og gårder. I sentrum er oppdragene til Cerocahui, Guazapares, Chínipas, Santa Ana og i nord Babarocos og Moris.
Tarahumara Baja-området ble først evangelisert av far Juan Fonte, som gjorde sin første inngang i 1608. I 1639 bygde far Jerónimo Figueroa oppdraget til San Pablo Balleza og Huejotitán (San Jerónimo), mens far José Pascual samtidig bygde San Felipe. Innenfor samme Tarahumara-region ligger også La joya, Santa María de las Cuevas og San Javier Savetó, sistnevnte oppdrag bygget i 1640 av far Virgilio Máez.
Angående territoriet til Tarahumara Alta, som omfattet sentrum og nord for denne enheten, startet evangeliseringsarbeidet av fedre Tardá, Guadalajara, Celada, Tarkay og Neuman. Oppdragene som inngikk i denne regionen var: Tonachi, Norogachi, Nonoava, Narárachi, Sisoguichi, Carichi, San Borja, Temechí eller Temeichi, Coyachi eller Coyachic, Tomochi eller Tomochic, Tutuaca eller Tutuata, Papigochi, Santo Tomás, Matachi og Tesomachi. I midten av det syttende århundre ble jesuittmisjonen til Chihuahua den best organiserte og administrerte, med unntak av dem i California.
På Chihuahuan-territoriet var det også franskiskanernes misjonsarbeid. Målet med de religiøse var å fullføre koblingen som allerede eksisterte nord i Zacatecas, som de grunnla klostre for i Chihuahua og Durango. Klostrene måtte, i likhet med jesuittene, oppfylle målet om å evangelisere de vantro. Bygningene ble laget av Nuestra Señora del Norte, som nå er Ciudad Juárez, San Buenaventura de Atotonilco (Villa López), Santiago Babonoyaba, Parral, Santa Isabel de Tarahumara, San Pedro de los Conchos, Bachiniva eller Bacínava (Nuestra Señora de Natividadad. ), Namiquipa (San Pedro Alcántara), Carretas (Santa María de Gracia), Julimes, San Andrés, Nombre de Dios, San Felipe el Real de Chihuahua og Casas Grandes.
