Med bare tre eller fire måneders regn i året, var Colima i stand til å oppfylle de nødvendige forholdene for menneskelivet takket være de mange bekker som kommer fra de høyere delene av Volcán de Fuego. Bevis viser at mennesket bosatte seg i denne dalen rundt 1500 f.Kr.
Kulturen kjent som Complejo Capacha var landbrukssamfunn og stillesittende samfunn som ga opphav til den berømte tradisjonen med sjaktgraver: likhus der de rikholdige tilbudene ble avsatt og som var tilgjengelig gjennom en vertikal og rund skaft fra 1.20 til 1.40 m i diameter. I Tampumachay rekreasjonssenter, i byen Los Ortices, er det tre graver med den opprinnelige skaftet og hvelvene, og inne i en serie steinfartøyer og verktøy som tilbys de døde.
Da religion hadde større vekt i sosial organisering, fra 600 e.Kr., begynte det å bygge seremonielle rom fra firkanter, avgrensede gårdsplasser og rektangulære plattformer med betydelige dimensjoner. De mer arkitektonisk komplekse bosetningene utviklet seg ikke før etter 900 e.Kr.
Stedet som best representerer denne scenen er La Campana. Det er en stor bosetning - det seremonielle området oversteg 50 hektar - med en rekke rektangulære plattformer. På toppen av disse plattformene er det trolig områder knyttet til kornlagring. Det er også komplekse boligsystemer som utvilsomt må ha vært okkupert av sivile og religiøse ledere.
To sider skiller seg ut på dette nettstedet: plasseringen av sjaktgraver integrert i seremonielle rom og eksistensen av et komplekst nettverk av drenering og vannledninger.
Et annet viktig arkeologisk sted i Colima er El Chanal, som ligger omtrent 6 km nord for byen, som må ha hatt en maksimal utvidelse på 200 hektar. Da den strakte seg til begge bredder av elven Colima, er den kjent som El Chanal Este og El Chanal Oeste. Sistnevnte, selv om det ikke er fullstendig undersøkt, viser en tydelig kompleksitet, siden den har gårdsplasser, torg, strukturer, kanaler og gater. El Chanal Este, tvert imot, ble i stor grad ødelagt fordi den moderne byen som bærer navnet sitt ble etablert på ruinene.
Undersøkelsene viser at det på stedet er indikative elementer i det dobbelte tempelet, begrepet benk-alter og alter-plattformene med små dimensjoner, samt et stort antall bulkskulpturer, graveringer og steinrelieffer; tall relatert til Xantiles; polykrom keramikk som danner konturer av ørner og fjærede slanger; og til slutt metall. Men det mest fremragende med denne kulturen er tilstedeværelsen av det urbane fenomenet og eksistensen av kalenderen.
