Bygget i bakkene av åsene, måtte bystrukturen i denne byen tilpasse seg de topografiske aspektene av terrenget, selv om de prøvde å respektere en retikulær form som et sjakkbrett.
Dette aspektet i det lange løp tillot det å vokse på en målt og harmonisk måte, som gjennom århundrene har bevart sin opprinnelige karakter. Stiftelsen ble grunnlagt av behovet for å beskytte og beskytte reisende som passerte mellom Zacatecas og hovedstaden i det daværende kongeriket Ny-Spania, og som hovedsakelig transporterte mineraler og som ble beleiret av de innfødte nomadene til Chichimeca-nasjonen. San Miguel etablerte i nærheten av den nåværende byen en by med navnet Itzcuinapan, som dedikerte erkeengelen San Miguel som skytshelgen. Den primitive befolkningen hadde alvorlige problemer med vannforsyningen, i tillegg til de kontinuerlige og voldelige angrepene fra de innfødte Chichimecas i de omkringliggende områdene. Av denne grunn flyttet innbyggerne i Villa de San Miguel bosetningen noen kilometer nordøst; Det var stedet hvor Villa de San Miguel el Grande ble grunnlagt av Don Ángel de Villafañe på anmodning av visekongen Don Luis de Velasco. Visekongen krevde også at spanske naboer bosatte seg der som skulle få jord og husdyr, mens urfolket som bodde i det ville bli tilgitt hyllesten og ville bli styrt av sine egne høvdinger for å unngå fremtidige opprør.
8. mars 1826 gjorde statskongressen det til en by og endret navn, som fremover ville være San Miguel de Allende, til ære for den berømte opprøreren som ble født der i 1779.
Inne i dette attraktive kolonibildet ligger flere virkelig bemerkelsesverdige palasser fra den tiden. Blant de mest fremragende er kommunepalasset, tidligere rådhuset som ble bygd i 1736. Huset der Ignacio Allende ble født, et eksempel på byens barokkarkitektur, spesielt på fasaden, og som for tiden er Regional Museum. Casa del Mayorazgo de la Canal, med en vakker nyklassisistisk fasade, ble ferdig mot slutten av 1700-tallet av José Mariano de la Canal y Hervas, rådmann, dekan og kongelig banner. Det gamle herregården til Don Manuel T. de la Canal, en konstruksjon fra 1735 som ble renovert i henhold til et prosjekt av den berømte spanske arkitekten Don Manuel Tolsá i 1809; bygningen huser for tiden Allende-instituttet, og den fremhever bredden av de indre gårdsplassene, et vakkert kapell og de ekstraordinære buene. House of the Inquisitor, som fungerte som residens for kommissæren for det hellige kontoret og stammer fra 1780. House of the Marqués de Jaral de Berrio, bygget på slutten av 1700-tallet, og det til grevene i Loja med sin elegante fasade.
Når det gjelder religiøs arkitektur, kan byen også skryte av arkitektoniske skatter av ekstraordinær verdi, som kirken og klosteret Santo Domingo, en nøktern bygning fra 1737. Leal de la Concepción-klosteret, som for tiden er kultursenteret, Det er en bemerkelsesverdig bygning for sin enorme uteplass; Den ble bygget på 1700-tallet av arkitekten Francisco Martínez Gudlño.
Kapellet i Santa Cruz del Chorro, et av de eldste; tempelet til den tredje orden, fra tidlig på det syttende århundre. Det vakre komplekset av tempelet og oratoriet til San Felipe Neri, fra begynnelsen av 1700-tallet; kirken har en overdådig barokkfasade laget i rosa steinbrudd og dekorert med sterk urfolks innflytelse. Interiøret har en variert og rik dekorasjon mellom møbler, skulpturer og malerier som er verdt å beundre, i tillegg til det fantastiske kapellet i Santa Casa de Loreto og Camarín de la Virgen, begge utsøkt dekorert og på grunn av hengivenheten til markisen Manuel Tomás de la Canal. I nærheten av oratoriet ligger templet Our Lady of Health, bygget på 1700-tallet med sin innfelte fasade kronet av et stort skall.
Også blant de mest attraktive i byen er San Francisco-tempelet, fra 1700-tallet, med sin vakre Churrigueresque-fasade, og det berømte soknet er nesten et symbol på San Miguel de Allende; Selv om den nygotiske stilkonstruksjonen er nyere, ble den bygget på strukturen til det gamle tempelet fra 1600-tallet, med full respekt for interiøret og den opprinnelige planen.
Svært nær byen ligger helligdommen til Atotonilco, en konstruksjon fra det 13. århundre av edru proporsjoner som ser ut som en festning og som det er bevart verdifulle malerier fra samme århundre.
