Født i Como, Italia i 1702 av edel fødsel. I Spania, der han ankommer på flukt fra den østerrikske krigen, får han brede makter til å samle inn pensjonen til Moctezumas etterkommere i Royal Cajas of Mexico.
Han reiste til Ny-Spania i 1736. I løpet av de åtte årene av oppholdet viet han seg til å undersøke opptredenen til Jomfruen av Guadalupe, og samlet betydelig grafisk og piktografisk materiale. Det fremmer kroning av Guadalupan-bildet, noe som forårsaker mistillit til underrettsmyndighetene. Han blir tatt til fange og samlingen hans er strippet. Måneder senere, etter at han ble deportert til Spania, legger han ut på et skip som faller i hendene på piratene som forlater ham i Gibraltar.
Med store verk ankom han Spania og kom i kontakt med samleren Mariano Fernández de Echeverríay Veytia som oppnådde sin frifinnelse ved å bli utnevnt til Royal Chronicler of the Indies, en stilling som Boturini avviste for å vie seg til å skrive om urfolks historie. Selv om han aldri gjenoppretter samlingen, skrev han Catalog of the Indian Museum om den. Hans arbeid er veldig originalt og godt dokumentert. Han døde i Madrid på en usikker dato, mellom 1750 og 1755.
