Han ble født i Guadalajara, Jalisco i 1781.
En fremtredende lege og politiker, hadde han sitt første offentlige verv, mens han fortsatt var veldig ung, i tjeneste for de spanske domstolene. Han deltok i den konstituerende kongressen (1824) og senere var han relasjonssekretær i kabinettet til Gómez Pedraza. Han ble utnevnt til visepresident i 1833, og tiltrådte presidentstillingen ved fem anledninger, frem til 1847, da Antonio López de Santa Anna var fraværende fra sine oppgaver som første president. Sammen med José María Luis Mora foreslår Gómez Farias viktige endringer som likhet mellom alle meksikanere, ytringsfrihet, undertrykkelse av privilegiene til kirken og hæren, gjennomføring av dype økonomiske reformer gjennom konsolidering og amortisering av offentlig gjeld, sosialhjelp til urfolk og ubeskyttede klasser, organiseringen av blant annet Nasjonalbiblioteket. For sine fortjenester i offentlig forestilling, betraktes Gómez Farias som den sanne forløperen til reformasjonen. Han døde i Mexico by i 1858.
